כיצד ינהגו כאשר קראו ללוי או ישראל ונכנס כהן?

על הכהן נאמר: "וקידשתו", והצטווינו להקדים אותו בדברים שבקדושה, וכך מובא להלכה אודות כבוד הכהנים: "וצריך כל אדם מישראל לנהוג בהן כבוד הרבה ולהקדים אותן לכל דבר שבקדושה, לפתוח בתורה ראשון, ולברך ראשון, וליטול מנה יפה ראשון ". ועל כן, בכל פעם שקוראים בתורה – עולה הכהן ראשון, ואחריו לוי, והחל מעליית "שלישי" עולים ישראלים, ואין לקרוא לכהנים ולוויים נוספים בעליות הבאות, אך למפטיר יכול לעלות כהן או לוי.

כהן השווה בחכמתו לישראל מצוה מן התורה להקדימו, ולמעשה, אפילו כהן עם הארץ מקדימים אותו לחכם גדול לוי או ישראל. אך כהן שעבר על מצוות המיוחדות לכהנים, קנסוהו חכמים ופסלוהו מכל מעלות הכהונה, ואין קוראים לו לעלות לתורה ראשון. כגון, כהן שנשא גרושה או חלוצה וכו' – אינו עולה לתורה ראשון. וכן כהן שנטמא למת (שאינו משבעת "מתי מצוה") אינו עולה לתורה ראשון, עד שישוב ויקבל על עצמו שלא יטמא עוד למתים.

אם אין כהן בבית הכנסת, טוב להקדים את הלוי ולקרוא לו לעלות ראשון, אם הוא שווה בחכמה לישראל. והעושה כן מאריך ימים. אבל אין חיוב בדבר, אלא אם ירצה יכול לקרוא לכל העליות לישראלים. וכשקורא ללוי או לישראל לעליית ראשון יאמר הגבאי "במקום כהן", כדי שלא יטעו ויחשבו שהוא כהן.

אם אין לוי בבית הכנסת, הכהן שעלה ראשון יעלה פעם נוספת לעליית שני במקום לוי, ויברך שנית. אבל לא יעלה כהן אחר, כדי שלא יאמרו שהראשון פגום. אם התחיל הכהן לברך ברכת התורה פעם שניה (שאמר כבר בא"י) כי היה סבור שאין בבית הכנסת לוי, והתברר שיש שם לוי או שנכנס לוי לביהכנ"ס – אין מפסיקים אותו. אך אם אמר רק "ברכו" ועדיין לא התחיל בברכה – מפסיקים אותו ויעלה הלוי. אם קרא הגבאי לכהן או ללוי מסויים, והתברר שאינו נמצא כעת בבית הכנסת – לא יקרא לאחר בשמו משום פגמו של ראשון, אלא יעלה כהן או לוי אַחֵר מעצמו.

במקום הצורך יכול הכהן למחול על כבודו – בפרט בשני וחמישי – ולתת רשות לישראל לעלות לתורה ראשון, וצריכים כל הכנהנים שבמקום למחול, ואח"כ יאמר הגבאי בפירוש "ברשות כהן". ואם הכהנים יצאו החוצה יכול הגבאי לומר "אין כאן כהן". וטוב לכבד את הכהן בהוצאת הס"ת, כדי לקיים "וקדשתו" במקצת. אך למרות שמן הדין יכול כהן למחול על כבודו, למעשה היו רבותינו נשיאינו מדקדקים ביותר, בדרך כלל, שבכל קריאה בתורה יהיה הסדר: כהן, לוי, ישראל. רק במקום שיש צורך מיוחד קוראים לאַחֵר ברשות הכהן.