מי שטעה בסדר ברכות השחר, כיצד ינהג?

נאמר בגמרא שמיד כשיתעורר האדם משנתו יודה לה', ויאמר: "אלוקי, נשמה שנתת בי טהורה היא, אתה בראתה . . ברוך אתה ה' המחזיר נשמות לפגרים מתים" (ולמעשה המנהג לומר בקימה 'מודה אני'. וברכת אלקי, נשמה נאמרת אח"כ). וכן תקנו ברכות על סדר העולם והנהגתו ועל כל מה שהבריות נהנים בכל יום שיברכו לה' על הפעם הראשונה שנהנים הנאה זו בכל יום ויום, להשלים מנין המאה ברכות שחייב כל אדם לברך בכל יום ויום מערב ועד בקר כמו שתיקן דוד המלך. למעשה אומרים את ברכות השחר שלא בשעת הפעולות אותן מבצעים בבוקר, אלא כולן יחד בסיום ההתארגנות. ומנהגנו לאומרם בבית לפני היציאה לבית הכנסת.

הסדר הנכון הוא שמיד שיתעורר יאמר "מודה אני" ואחר כך בעודנו על המיטה יטול ידיים. לאחר עשיית צרכיו וההתארגנות יטול ידיו שוב ויברך "על נטילת ידיים" ו"אשר יצר", ומיד ימשיך באמירת ברכת "אלוקי, נשמה שנתת בי", כיוון שאינה פותחת בברוך אתה ה' ולכן משתדלים שתהיה בהמשך ובהקשר לברכת אשר יצר שהתחילה ב"ברוך"; לפני שמברך את ברכות השחר יש לרחוץ את הפה תחילה בכדי לברך את השם הגדול בקדושה ובטהרה, חוץ מתענית ציבור שאין רוחצים את הפה.

המתעורר משנתו בלילה יכול לברך את ברכות השחר מחצות הלילה, אלא שיברך רק את הברכות שהתחייב בהם (כגון אם התלבש יברך 'מלביש ערומים'). מי שהיה ער כל הלילה, אינו יכול לברך לפני עלות השחר את ברכות השחר. לאחר שעלה השחר ואחר עשיית צרכיו יטול ידיו שלוש פעמים על כל יד (כבכל יום), ואז יברך את כל הברכות על הסדר.

נחלקו הפוסקים האם ברכת התורה דינה כברכת המצוות וכברכת הנהנין שאין להפסיק בינה ובין קיום המצווה או ההנאה, ולמעשה נהוג שלאחר הברכה מיד אומרים את פסוקי ברכת כהנים ומשנת "אלו דברים שאין להם שיעור", אולם ברכה זו בתקפה על כל היום כשם שברכות השחר נאמרות פעם אחת ביום, על אף שהסיח דעתו מאמירת הברכה. ואף אם ישן באמצע היום נהוג שלא לברך ברכת התורה קודם הלימוד לאחר שהתעורר. אך שינת הלילה נחשבת כשינת קבע כאשר זוהי שינתו העיקרית, והמתעורר ממנה החל מחצות הלילה עליו לברך ברכת התורה קודם הלמוד. ואם היה ער כל הלילה ללא הפסקה מברך ברכת התורה רק לאחר עלות-השחר, אך אם היה עסוק בלמוד אינו חייב להפסיק למודו, ורק כאשר הפסיק יברך לפני ששב ללמוד.