אחת מהמצוות של בית המקדש היא לשמור עליו, אז מדוע אנו כיום לא שומרים על בית המקדש?

בתמצות:
באמת צריך לשמור עליו גם כיום, רק שישנה סכנה מפני הגויים שירצו להרע לנו אם ידעו שאנו שומרים על בית המקדש, ו"פיקוח נפש דוחה את כל התורה כולה". אמנם גם כיום יש לנו שמירת מקדש "רוחנית" – לשמור על חפצי הקדושה שברשותנו.
בהרחבה:
אחת המצוות המרכזיות במקדש היא מצוות שמירת המקדש. מצוה זו נלמדת מהפסוק "ושמרו את משמרת אוהל מועד" (במדבר יח, ד) זו מצוות עשה וגם איסור שלא לבטל את שמירת המקדש.
יש להציב כהנים ולויים שישמרו על בית המקדש כפי שכותב הרמב"ם "אין שמירתו (של המקדש) אלא כבוד לו, אינו דומה פלטרין (ארמון) שיש עליו שומרים לפלטרין שאין עליו שומרים" מטרת השמירה היא אפוא, להוסיף כבוד למקדש.
מובן, כי הכבוד אינו ניתן למבנה הגשמי ולעיצוב המדהים של בית המקדש, אלא לאלוקים השוכן בו. כידוע, גם לאחר החורבן נשארה הקדושה במקום המקדש, שכן כשם שהשכינה קיימת לנצח כך גם קדושת משכנה קיימת תמיד, כדברי רבותינו "קדושה אינה זזה ממקומה". ולכן גם היום יש להיזהר שלא להיכנס היכן שאסור להיכנס במקום המקדש כיון שגם היום קיים הציווי "את מקדשי תיראו".
אמנם, בזמן הגלות קיימת סכנה מאומות העולם. גם כאשר יד היהודים תקיפה ואפילו אם ישנו שלום עם הגויים, תמיד יהיו בודדים הרוצים להרע לנו, שהרי הלכה היא: "בידוע שעשו שונא ליעקב". וממילא אם יתקבצו הכהנים והלויים כיום כדי לקיים את מצוות שמירת המקדש כהלכתה באופן בולט וגלוי, עלול להגרם רעה ליהודים אי שם, בתגובה למעשה כזה מצידנו בהר הבית.
לכן על פי הכלל "פיקוח נפש דוחה את כל התורה כולה" נדחית מצוות שמירת המקדש מפני החשש האמור.
אין מקום כמובן לשמירה חשאית על הר הבית, שכן כל עניין השמירה הוא דווקא מתוך רושם ומתוך כבוד למקדש, בשמירה חשאית לא יתווסף כבוד למקום המקדש.
אמנם גם כיום מוטלת עלינו מצוות שמירת המקדש במובנה הרוחני: עלינו לשמור על דברי הקודש שברשותנו, חומש סידור וכדומה, וזה יביא את קיום המצוה כפשוטה בהתגלות הרבי מלך המשיח בגאולה השלימה ובבנין בית המקדש, אז יוכלו הכהנים והלויים לשמור אותו ללא חשש.