מהו טעם אמירת ברכות השחר?

הסדר הנכון הוא שמיד שיתעורר יאמר "מודה אני" ואחר כך בעודנו על המיטה יטול ידיים. לאחר עשיית צרכיו וההתארגנות יטול ידיו שוב ויברך "על נטילת ידיים" ו"אשר יצר", ומיד ימשיך באמירת ברכת "אלוקי, נשמה שנתת בי", כיוון שאינה פותחת בברוך אתה ה' ולכן משתדלים שתהיה בהמשך ובהקשר לברכת אשר יצר שהתחילה ב"ברוך"; לפני שמברך את ברכות השחר יש לרחוץ את הפה תחילה בכדי לברך את השם הגדול בקדושה ובטהרה, חוץ מתענית ציבור שאין רוחצים את הפה.

המתעורר משנתו בלילה יכול לברך את ברכות השחר מחצות הלילה, אלא שיברך רק את הברכות שהתחייב בהם (כגון אם התלבש יברך 'מלביש ערומים'). מי שהיה ער כל הלילה, אינו יכול לברך לפני עלות השחר את ברכות השחר. לאחר שעלה השחר ואחר עשיית צרכיו יטול ידיו שלוש פעמים על כל יד (כבכל יום), ואז יברך את כל הברכות על הסדר.

מי שטעה בסדר הברכות והקדים ברכה לחברתה, ישלים ויברך את הברכה שדילג, חוץ מברכת 'מתיר אסורים' ו'זוקף כפופים' שאם כבר בירך 'זוקף כפופים' לא יחזור לברך 'מתיר אסורים', מפני שבכלל זקיפת הקומה היא התרת האיברים ותנועתם, ולכן לא יחזור. ואף מי שכבר התפלל ולא בירך תחלה את ברכות השחר עליו לאמרן לאחר התפילה, ולגבי ברכת התורה יתבאר לקמן.

נחלקו הפוסקים האם ברכת התורה דינה כברכת המצוות וכברכת הנהנין שאין להפסיק בינה ובין קיום המצווה או ההנאה, ולמעשה נהוג שלאחר הברכה מיד אומרים את פסוקי ברכת כהנים ומשנת "אלו דברים שאין להם שיעור", אולם ברכה זו בתקפה על כל היום כשם שברכות השחר נאמרות פעם אחת ביום, על אף שהסיח דעתו מאמירת הברכה. ואף אם ישן באמצע היום נהוג שלא לברך ברכת התורה קודם הלימוד לאחר שהתעורר. אך שינת הלילה נחשבת כשינת קבע כאשר זוהי שינתו העיקרית, והמתעורר ממנה החל מחצות הלילה עליו לברך ברכת התורה קודם הלמוד. ואם היה ער כל הלילה ללא הפסקה מברך ברכת התורה רק לאחר עלות-השחר, אך אם היה עסוק בלמוד אינו חייב להפסיק למודו, ורק כאשר הפסיק יברך לפני ששב ללמוד.